另一方面，20世纪90年代以来进行的医疗体制改革处置不当，导致医院走上畸形商业化轨道。这种体制让本来已经糟糕的医疗服务状况及医院收入分配扭曲格局进一步恶化。

　　尽管目前中国绝大多数医疗机构都是公立医院，但相当多医院的运行却是高度商业化的。20世纪90年代初以来进行的医疗体制改革带有明显的甩包袱意图，政府进行改革的目的是降低财政负担，让医院自负盈亏，自筹资金。而肤浅的市场化理论也为这种改革提供了依据：医院如果变成企业，那么它的效率就会提高。这两者结合到一起，所设计出来的改革方案就追求这样一个目标：把医院变成企业。

　　这个目标迅速实现了。现在的公立医院基本上成为一家自负盈亏的服务类甚至是药品零售企业。医院主要靠提供医疗服务和出售药品获得维持其正常运营的收入。这种机制的直接后果是医院在运转过程中过分注重经济收入这样一个价值。

　　在这种扭曲的商业化经营体制下，医院中所有人的角色都发生了一次史无前例的转换。首先，院长除了是官员之外，还扮演着赚钱的商人的角色。在医院内部，院长与医生的关系，在领导与下属的关系之外，又多了一层老板与雇员的关系。

　　医生则被迫承担起了一个完全与其正当责任相反的职责：为医院创造经济收入。在医院的收入指标压力下，医生成了推销药品的掮客，千方百计向患者开高价药、大处方。政府试图通过药价管制来抑制医疗费用上涨的趋势，但患者要掏多少钱，最终取决于医生的一支笔，而医生灵活地与价格管制措施打起“游击战”：政府降低某药价格，我就拒绝开这种药，开那些价格不受管制的替代性药品。于是，出现了一种乍看起来反常的结果：药品价格反而由于政府的价格管制而水涨船高。药品价格居高不下，并且不断攀升，在这种经济压力下，患者及其家人难有好心情。

　　一旦商业化精神渗入医院，医院让医生充当赚钱机器，则医生的职业伦理必然逐渐流失，乃至于丧失做人的道德底线。今天，人们也确实看到，不少医生采取各种手段谋取灰色乃至黑色收入。其中最为著名的是“红包”。这种非正规收入极大地拉大了医院内部不同人之间的收入差距。

　　同时，20世纪90年代以来，中国几乎所有组织机构都盲目地复制营利性企业的治理模式，医院也引入了企业式绩效工资制度。医院通过上述渠道获得的盈利，按照企业模式进行分配。这种扭曲的商业化模式导致的收入分配方面的第一个恶劣后果是：医院所获得的诸多收入是部门化的。这样，同一医院内部不同部门之间的收入差距迅速扩大。

　　第二个恶劣后果是医生之间收入差距不正常地拉大。诚然，医生之间存在能力、技术、服务态度上的不同，因而其收入有一定差距也是正常的，并且可能起到激励作用。但是，在学校、医院这类机构，一旦收入差距扩大到一定程度，就不大可能具有激励作用。相反，这种格局会对所有医生的心理产生巨大负面影响：那些享有较高收入的医生必然会傲慢、自负，那些收入较低的医生则会消极、愤懑，乃至于怨恨、绝望。而所有这些情绪，都可能宣泄到患者身上，从而让医患关系日趋紧张。

　　让医生通过商业方式获取收入，同时又在医院内部制造过大的收入差距，这种畸形商业化要对医生、医院之整体社会形象的迅速恶化，承担主要责任。