成为中医学核心内容的阴阳五行学说自形成之日起就和儒学密切相关，作为儒家方法论的象数学说中所包含的阴阳学说、运动观点、推类比附等内容对中医学认识论和方法论都有重大影响。如董仲舒的《春秋繁露·人副天数》中“天人合一”思想，在中医理论中有充分的体现并有所发展，中医把经络、脉象、五官等均与天地相比附，成为中医理论的重要组成部分。五行学说的生克理论是由儒家所创后又与阴阳学说结合运用，进而被中医学家用以解释脏腑、经络的生理、病理现象，成为中医学理论的核心部分。

    　儒家的中庸思想对中医学有较深影响，《阴证略例·序》说“《中庸》曰：致中和，天地位焉，万物育焉，而况医乎！”《内经》很重视中庸之“和”这一思想，强调维持正常生命活动应“法于阴阳，和于术数”，认为疾病是气血不和所致，“气相得则和，不相得则病”、“血气不和，百病乃变化而生”，主张治疗时“必先岁气，无伐天和”、“疏其血气，令其调达，而致和平”。儒家的仁义道德观被许多医家所尊崇，孙思邈认为医生应“先发大慈恻隐之心”、“志存救济”;张仲景“精究方术”，则是为了“上以疗君亲之疾，下以救贫贱之厄”。

　　古有“不为良相，便为良医”之说，中国历史上的许多名医，都具有深厚的文化素养，如陶弘景不但精于医药，还长于天文、地理、历算。苏东坡、沈括不仅是大诗人和科学家，也博知医药，他们的儒家思想自然被融入到医学理论之中。