历史上有许多医家是当时著名的宗教学者，这使中医理论融入了不少宗教色彩。巢元方在《诸病源候论》中援引印度四大学说（“四大”是佛教名词，指地、水、火、风，世界万物和人的身体都由四大组成）来阐明病源。

　　孙思邈在《千金方》中不但采用了四大学说，还吸收了大量印度药物和医疗方法，《千金要方》有关于按摩及坐禅、养生法等瑜伽术的内容，《千金翼方》中认为国药、针灸、禁咒、符印和导引是医疗五法，可以说佛教中的“四大”促进了中医五行学说的发展。佛学中修身养性、无欲无求的思想是中医养生的主导思想之一，中医历来主张保持健康应做到“恬惔虚无”、“精神内守”、“少欲”、“心安”。

　    道教与中医学亦密切相关，道家主张清静无为、抱守真一，《内经》有“恬惔虚无”的养生观。《庄子》曰“天地者万物之父母也”，《内经》有“阴阳者天地之道也”的阴阳观。《千金方》中有道家的导引吐纳法，《外台秘要》中有道家的养性服食法和炼丹术。晋代葛洪不但是名医也是有影响的道士，他系统总结了神仙炼丹学说，成为世界上最早研制使用化学药物的人。